Uma investigação da Controladoria-Geral da União (CGU) encontrou indícios de fraudes, superfaturamento e desvios nos convênios do Sebrae Nacional (Serviço Brasileiro de Apoio às Micro e Pequenas Empresas), uma das organizações do Sistema S.
Com base nessa apuração, a CGU recomendou a abertura de um processo administrativo disciplinar no Sebrae e que as entidades beneficiadas indevidamente restituam o prejuízo que causaram aos cofres públicos.
O Sistema S é um conjunto de instituições corporativas para treinamento profissional, pesquisa e assistência técnica e social, financiadas por uma contribuição fiscal obrigatória das empresas de cada setor. Por isso, a fiscalização desses gastos, que são equiparáveis a despesas públicas, fica sob competência da CGU.